海洋館區內部分為主題館區、區域探索館、海洋生態館和海洋3D劇場等區塊：

主題館區-內部區分兒童廳、未來廳、船舶廳、深海展示廳、科學廳、深海影像廳、環境廳、水產廳、文化廳、探索廳等，介紹不同角度的海洋相關知識，讓民眾認識海洋生態的重要與獨特，另設有行政中心與研究典藏中心。