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2016年改革前，中国人民解放军总后勤部军事交通运输部设有：[[政治]]部、办公室、综合局、第一运输局、第二运输局、第三运输局、[[航空]]运输局、[[铁路]]运输局、交通战备局、科技训练局、军车监理所、车辆检测中心、总后勤部军事交通运输研究所等部门；直属院校有[[中国人民解放军军事交通学院]] <ref>[https://souky.eol.cn/HomePage/school_des/943/943.html 中国人民解放军陆军军事交通学院]，研究生招生报名查询系统</ref> （副军级，驻[[天津]]）、[[中国人民解放军镇江船艇学院]]（正师级，驻镇江）、中国人民解放军蚌埠汽车士官学校（正师级，驻蚌埠）。

在深化[[国防]]和[[军队]]改革中，2016年1月中国人民解放军总后勤部撤销，组建中央军委后勤保障部 <ref>[http://www.chinalushan.com/info/info_2551.htm 中国人民解放军总后勤部]，铁血网，2018-4-6</ref> 。中国人民解放军总后勤部军事交通运输部改组为中央军委后勤保障部运输投送局。