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内蒙古地处[[季风环流]]过渡带，降水自东南向西北递减。大兴安岭山地和西辽河流域的南部山区，年降水量450毫米以上。内蒙古西部少于250毫米，阿拉善不到100毫米 <ref>[http://www.docin.com/p-1482925001.html 内蒙古地区近53a降水格局的时空变化特征]，豆丁网</ref> 。

内蒙古河川径流总量约400亿立方米。 内蒙古自治区有大小[[湖泊]]一千余个，是中国内陆湖泊分布密集的地区之一。内蒙古的湖泊大多分布在西辽河平原、内蒙古高原和鄂尔多斯高原。湖泊主要为[[风蚀湖]]，其次为构造湖，也有一部分牛轭湖 <ref>[http://www.xinhuanet.com/science/2018-07/29/c_137354981.htm 牛轭湖是如何形成的？]，科普中国，2018-07-29 </ref> 。由于地下水补给稀少，河流、湖泊的补给主要来自降水，湖泊有明显的季节变化，雨季时水位上升、湖面扩大；其他季节水位下降，一些小湖甚至会干涸，沙漠地区常见这样的雨季湖。大多数湖泊面积不足1平方公里，湖水通常很浅，在1.5米至4米之间。构造湖较风蚀湖深一些，面积也更大。内蒙古自治区兼有淡水湖、微咸湖和咸水湖，咸水湖中还包括盐湖、碱湖、硼砂湖和芒硝湖等。面积超过100平方公里的湖有七个，即呼伦湖、贝尔湖、达里诺尔、乌梁素海、岱海、黄旗海、库勒查干诺尔。其中，[[呼伦湖]]是中国北方第一大湖、全国第四大[[淡水湖]]。内蒙古自治区湖泊生态系统较为脆弱，湖水浅、淡水湖少、盐湖多、易盐化、易干枯。由于气候变化和人类活动，内蒙古的湖泊受到威胁。农牧交错区主要的人为因素是灌溉用水，而牧区的主要原因是煤炭开采用水。据研究，自1987年至2010年间内蒙古湖泊总面积减少30.3%，面积超过1平方公里的湖泊数量减少了34%，呼伦湖等湖泊面积萎缩，奈曼西湖等湖泊干涸，居延海干涸导致绿洲面积缩减、变为风沙源头。通过实施引水（如引海拉尔河水补呼伦湖），一些湖泊的面积得以部分恢复。