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[[華南海鮮市場]]被指稱是病毒的源頭，但此市場宣稱在武漢肺炎疫情爆發時，並未出售蝙蝠。這表明了可能存在另一種中間動物宿主，該宿主將病毒轉移給人類。
2020年1月21日，[[香港大學]]新興傳染病國家重點實驗室主任（中國事務） [[ 管軼 ]] （Guan Yi）訪問武漢，目的是想確定新冠病毒的動物來源。事後，他指出，「由於華南海鮮市場被關閉了，而且被打掃得一乾二淨了，在沒有證據的情況下，很難調查該病毒的來源。」
截至2020年2月12日，沒有任何為了追查武漢新冠病毒來源或中間宿主，所進行的動物（尤其是華南海鮮市場動物）樣本的檢測報告。