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威廉·佩恩也是一位虔诚的基督教貴格會信徒和有远见的哲学家，他曾说，“如果我们不愿受治于上帝，则我们必受治于暴君。”

威廉.佩恩也因為虔誠的信仰被捕入獄，囚禁在[[倫敦塔]]監獄（the Tower）。由此我們可以知道，威廉是一位堅持信仰立場不懼威嚇的鬥士，他曾對那些威脅的人說：「我就是死也不會改變我的立場，因為我問心無愧。」在[[倫敦塔]]監獄期間，威廉完成了他另一本有名的著作「沒有十架，就沒有冠冕」（No Cross, No Crown）。<ref>{{cite book |author1=韋立恩 |coauthors=黃友鈴譯 |title=清遠挹芬—貴格會三百年史 |date=1995 |publisher=基督教臺灣貴格會 |location=台北市 |page=164}}</ref>

在1681年至1683年間，威廉.佩恩試圖將貴格會裡的信仰理想，在賓夕法尼亞殖民地付諸實踐，並稱之為「神聖實驗」（The Holy Experiment, in Pennsylvania）。