截至2019年4月，学校设有[[商学]]院、社会发展与管理学院、政治学院、教师教育学院、体育学院、文学院、外国语学院、艺术学院、理学院、信息工程学院、工学院、[[生命科学]]学院、医学院、护理学院等14个二级学院，举办1所独立学院——求真学院，有4所附属医院 <ref>[https://www.dxsbb.com/news/35084.html 湖州师范学院有哪些院系和专业-什么专业比较好]，大学生必备网，2020-1-28</ref> 。

2018年5月10日，国务院学位委员会发文公布《关于下达2017年审核增列的博士、硕士学位授予单位及其学位授权点名单的通知》（学位〔2018〕19号），学校被批准为硕士学位授予单位，同时获批[[教育学]]、水产2个[[一级学科]]硕士点和护理硕士、教育硕士、工程硕士、艺术硕士4个专业学位硕士点，新增硕士点数量在全国新增硕士学位授予权单位中位列第一 <ref>[https://www.sohu.com/a/231164924_434584 2017年新增硕士点今天发布，湖州师范学院数量全国最多！]，搜狐，2018-05-10 </ref> 。