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2002/03年赛季亨利在各项赛事中射入32球，并贡献23个助攻，其中联赛攻入24球。他的良好表现，带领阿森纳在足总杯成功卫冕。贯穿整个赛季，他一直和曼联射手范尼斯特鲁伊争夺联赛神射手，但最终以一球之差被[[ 鲁德·范尼斯特鲁伊| 范尼斯特鲁伊]]击败。但亨利仍然获得英格兰足球先生及英格兰球员先生两大荣誉。他的状态一直冒升，成为2003年世界足球先生第二名。

2003/04年赛季，阿森纳重新戴上联赛冠军之皇冠。亨利37场联赛攻入24球，带领阿森纳英超联赛以38场未输一场的战绩夺冠，这是大型本土联赛中超过一世纪没有球队能做到纪录。同年亨利再度当选英格兰双料足球先生（足球先生及球员先生），同时成为2004年世界足球先生亚军。全季各项赛事共射入39球，亨利在各大联赛的入球数字均领导群雄，赢得 [[ 欧洲金靴奖 ]] 。

2004/05年亨利仍能保持高入球率，各项比赛射入31球，成为欧洲最强射手之一，和 [[ 比利亚雷亚尔 足球俱乐部|比利亚雷亚尔]] 的福尔兰共享欧洲金靴奖，成为当今球坛上唯一能在金靴奖两连霸的球员（在这之前， [[ 艾利·麦考利斯特 ]] （Ally McCoist）亦连续两年获得金靴奖，但当时的还未有官方认可的）。阿森纳在此赛季卫冕失败但也保住足总杯冠军。

2005年赛季季中，由于同胞[[ 帕特里克·维埃拉| 维埃拉]]意外离队，亨利担负队长重责。

2005年11月22日，亨利为阿森纳出战欧洲赛事达到70场，超过前队长[[ 大卫·希曼| 希曼]]的69次，成为俱乐部史上出战欧洲赛事最多的球员。

2005年11月27日，亨利攻入了在 [[ 海布里 ]] 这块球场上的第100个进球，成为英超中第一个在同一块场地上进球达到百位数的球员。

2006年2月1日，亨利在对 [[ 西汉姆联 足球俱乐部|西汉姆联]] 一仗中入球，合共在联赛射入151球，打破阿森纳传奇射手[[克里夫·巴斯蒂恩]]（Cliff Bastin）所保持多年的150球的纪录。

亨利在2006/07年赛季中伤患连连。虽然为阿森纳在本土赛事上阵17场，并射入10球，但亨利在2月便一直缺阵。在2006/07赛季欧洲冠军联赛对PSV[[ 埃因霍温足球俱乐部| 埃因霍温]]后备上场但落场不久便拉伤。