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*台灣省水利局規劃總隊重新研擬於員山子築堰分洪之可行性。政府為積極推動基隆河治理計畫，經[[行政院]]會指示由[[經濟部]]統合各權責單位辦理「基隆河整體治理計畫規劃工作」，[[經濟部水利署|經濟部水利處]]乃於2000年（民國89年）4月完成「基隆河整體治理計畫規劃總報告(草案)」及「基隆河整體治理方案」陳報行政院，行政院指示:「宜考量優先推動員山子分洪工程之可行性」。

*行政院於2000年11月舉辦「基隆河整體治理計畫」簡報會議後裁示推動員山子分洪計畫工作，並於2001年核定員山子分洪工程計畫<ref name="基隆河員山子分洪工程">{{cite web|language=zh-tw|url=http://wcis.pcc.gov.tw/files/15-1004-336,c121-1.php|title=基隆河員山子分洪工程|author=|publisher=行政院公共工程委員會|date=|accessdate=2014-06-25|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20151001224620/http://wcis.pcc.gov.tw/files/15-1004-336,c121-1.php|archivedate=2015-10-01}}</ref>，2002年編列特別預算[[新台幣]]316億餘元推動「基隆河整體治理計畫」，員山子分洪工程為計畫主體工程之一，於台北縣瑞芳鎮瑞柑新村旁施設進水口分洪結構、開鑿內徑12公尺、長度2,483.5公尺引水隧道及出水口放流設施，完成後每秒可導引1,310立方公尺水量進入東海，使基隆河自[[侯硐]]介壽橋以下河段可達200年重現期距之防洪保護標準，其執行經費計約60億元<ref name="基隆河員山子分洪工程紀事">{{cite web|language=zh-tw|url=http://www.wra.gov.tw/ct.asp?xItem=25864&ctNode=5313|title=基隆河員山子分洪工程紀事|author=[[陳伸賢]]|publisher=經濟部水利署|date=2007-03-19|accessdate=2014-06-25|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20151001190648/http://www.wra.gov.tw/ct.asp?xItem=25864&ctNode=5313|archivedate=2015-10-01}}</ref>。

*在2015年9月[[颱風杜鵑 (2015年)|強颱杜鵑]]來襲時，員山子分洪堰最高水位達66公尺，分洪量達每秒932立方公尺，分洪體積2021萬立方公尺，相當於8,100個標準游泳池水量。經濟部表示，員山子分洪道可將基隆河81%洪水分流入[[東海]]，亞洲最大分洪道「員山子分洪道」確保基隆河下游的[[北北基]]地區800萬人口倖免於水患<ref>[https://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/1513449 員山子分洪隧道 內部首度公開]，湯佳玲，自由時報，2015-11-19</ref>。

*2017年10月12日，為自2004年竣工啟用後第40次分洪（該年度第七次分洪）。