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1950年代，吉布提人争取从[[法国]]独立，中华人民共和国当时亦有支持；其后，吉布提在1978年6月下旬宣布独立为国，时任[[中华人民共和国国务院总理]]华国锋致电道贺，并承认吉布提独立。建交之初，中华人民共和国不派驻大使到吉布提，驻当地大使一职由驻法国大使兼任；吉布提方面对此不满，认为英、美等大国均有遣使到当地，唯独中华人民共和国没有，质疑中华人民共和国轻视小国。最后，中华人民共和国在1990年任命其驻吉布提大使。
2019年1月8日，[[中华人民共和国主席]][[习近平]]同吉布提总统盖莱互致贺电，庆祝两国建交40周年 <ref>[http://paper.people.com.cn/rmrb/html/2019-01/09/nw.D110000renmrb_20190109_2-01.htm 习近平同吉布提总统盖莱就中吉建交40周年互致贺电]，人民日报，2019-01-09 </ref> 。
==军事关系==
==援助==
中华人民共和国自1979年起向吉布提施予援助，为该国援建的项目包括[[体育场]]、[[科学]]研究中心等文化设施 <ref>[http://lishi.xuexila.com/shijieqita/14436.html 吉布提历史沿革 吉布提发展历史]，学习啦，2016-9-30 </ref> ；吉布提也有中华人民共和国派遣的[[农业]][[专家]]，他们曾在当地[[农场]]救治牲畜，得到当地人送赠[[农作物]]。
截至2015年，[[中华人民共和国]]合共向吉布提派遣了17批医疗队，为吉布提民众提供医疗[[服务]]；第17批派到吉布提的中国医疗队曾服务约50000人次，队长擅长中医学疗法，负责吉布提总统及其家眷的健康，曾获授勋。此外，中华人民共和国已和吉布提达成协议，派遣[[眼科]]专家到吉布提施行[[白内障]]手术，帮助当地的白内障患者恢复视力。