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1949年（民国三十八年）夏，为中国人民解放军迎撃，王陵基出任四川反共救国军总司令，年末败退至雅安。1949年12月11日，四川省邓锡侯、刘文辉、潘文华联合投向中国共产党。其最后的直属部队举行起义投向中国共产党方面，是为彭县起义。王陵基乃化装逃亡，途中被中国人民解放军逮捕。 中华人民共和国时期，王陵基一直被关押，直到1964年12月获得特赦释放。释放时，王陵基患有老年病高血压、心脏病，乃住进医院治疗。1967年3月17日，王陵基在北京市被红卫兵残酷批斗后病逝。享年85岁（满83歳）。