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[[抗日战争]]时期，历任[[新四军]]江北游击纵队[[政治]]处副主任、团政委、淮南抗大八分校政治处主任、支队司令员兼政委、淮南路东军分区司令员。他参与开辟淮南津浦路东抗日革命根据地，组织指挥奇袭[[ 盱眙县| 盱眙]]城之战，取得歼灭日、伪军２００余人，我无一伤亡的胜利。[[解放战争]]时期，朱云谦任淮南军区副参谋长、苏中军区第二军分区司令员、华东野战军第十一纵队旅长，第三野战军师长兼政委。参加了[[淮海战役|淮海]]、渡江、[[上海]]、[[福州]]、漳厦等重大战役，为中国人民的解放[[事业]]作出了重要贡献。

新中国成立后，朱云谦曾任军参谋长、空军陆战师师长、广州军区空军副司令员、空军学院副院长、院党委副书记。为我军第一支伞兵部队的组建和发展，为培养空军中、高级指挥员，做了许多卓有成效的工作。“[[文化大革命]]”期间，朱云谦遭受[[林彪]]、江青反革命集团的无端诬陷和残酷迫害。他对他们的倒行逆施进行了坚决抵制和斗争。１９７４年恢复工作，他任广州军区空军副政委、政委；１９７８年任总政治部副主任，１９８０年至１９８２年兼任总政治部干部部部长。他坚决贯彻党的十一届三中全会以来的路线、方针、[[政策]]，坚持[[ 四项原则| 四项基本原则]]，坚持[[改革开放]]的总方针，在政治上思想上与党中央保持一致。他为加强和改进我军的政治工作，加强新时期干部队伍的建设作出很大贡献。