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1949年12月，中国人民解放军广东军区江防司令部成立。1950年7月5日，[[中央军委]]发出命令，“林、邓、谭、赵并叶、邓、赖、洪：为着加强对华南领海的保卫与协助将来攻台作战，军委决定建立广东军区海军司令部，下设海防舰队和江防舰队，归广东军区建制，并任命[[洪学智]]为广东军区海军司令，至该部所需机构及干部配备等，请中南军区负责调配，希即照办。”1950年10月，以原广东军区江防司令部为主筹建华南海军司令部。同年11月，华南海军司令部改称中南军区海军（简称中南海军）。1950年12月3日，以华南海军司令部2186人，第58军第173师直属机关、部队1225人，[[第四野战军]]补训第2师直属机关、部队354人为基础，在[[广州市]]合编组建中南军区海军机关及直属队。1952年5月2日，第10军直属机关、部队545人；1952年12月8日，第43军第129师直属机关、部队1514人；1952年12月26日，第44军军部1900人，先后编入中南军区海军。1951年10月3日，中央军委命令：中南军区海军受中央军委海军和中南军区双重领导。1955年8月6日，[[中华人民共和国国防部]]发布命令，中南军区海军改称[[中国人民解放军海军南海舰队]] <ref>[http://www.360doc.com/content/20/0418/00/46357283_906745245.shtml 南海舰队前传——中南军区海军主要舰艇综述]，360个人图书馆，2020-04-18</ref> 。

2019年7月1日，南海舰队航空兵某飞行团在[[三沙市]]永兴岛举行了两架直升机的训练 <ref>[https://www.dzwww.com/xinwen/guoneixinwen/201807/t20180704_17565463.htm 南海舰队航空兵——两架直升机接力转运急病船员]，大众网，2018-07-04</ref> ，将一名身患急病的商船船员从南海某海域紧急接力转运到[[三亚市]]人民医院治疗，为抢救病员生命赢得宝贵时间。