1890年，阿爾弗雷德·沃納去了瑞士，他在蘇黎世大學獲得學位，論文題目是含氮分子中原子的空間排列。從1890年到1891年，他在這個問題上做了進一步的工作，並訪問了巴黎，在那裡他在法國學院（Collègede France）的Berthelot教授的帶領下工作。1892年，他回到蘇黎世，在技術高中任講師。1893年，他被任命為蘇黎世大學的副教授，接替Victor Merz，然後在大學講授有機化學。

1892年，Werner受聘於瑞士聯邦學院Habilitationsschrift （在大學任教所需的原始研究論文），成為了Polytechnikum的Privatdozent的無薪講師。在這項工作中，由於它是在一個不起眼的地方期刊上發表文章（1891年）而引起很少注意的，他建議替換奧古斯特·凱庫勒 （ August Kekule ）在有機化合物中的剛性價鍵具有一種更為靈活的方法，即將親和力視為從原子中心到各個方向均等地作用的各種可整除的力。