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中国第二历史档案馆设有保管处、利用处、整理编目处、史料编辑处、研究室（民国档案杂志社）、技术处、信息化处和全国民国档案资料目录中心等业务机构，专门从事民国档案的收集、保管、保护、整理、编目、接待利用和编研出版等工作，结合缩微复制、数字化扫描等手段，对馆藏档案进行研究、开发与利用。编辑出版了包括中华民国史档案资料汇编、丛刊、丛书在内共200余种10亿字的档案史料，并创办了《民国档案》杂志。接待了包括港、澳、台在内的全国各地和美、日、英、法、德等国家的中外查档者60万人次以上。