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肺结节的鉴别诊断包括异物， [[ 非肺段性肺炎 ]] ， [[ 结核 ]] 的 [[ 支气管 ]] 内病灶性肺部表现， [[ 系统性真菌病 ]] ， [[ 自身免疫性疾病 ]] ，和由 [[ 胸腔外原发癌 ]] 引起的转移性病变，孤立性肺结节尤其难鉴别。

孤立性肺结节是一单发病灶，不管其大小，其周围2/3的周长有肺实质包围，不与肺门或纵隔相连，不伴肺不张或胸腔积液。引起孤立性肺结节的重要原因有新生物，感染和胶原性血管疾病。约40%的孤立性肺结节是恶性的，其中90%为原发性支气管癌. 引起感染最常见的原因根据不同的地区可分为 [[ 粗球孢子菌 ]] ， [[ 荚膜组织胞浆菌 ]] 或 [[ 结核分枝杆菌 ]] 。 [[ 类风湿关节炎 ]] 和Wegener肉芽肿病是引起胶原性血管疾病的最常见原因。

良性病变极少引起上腔静脉综合征，但 [[ 结核 ]] ， [[ 真菌感染 ]] ，胸骨后 [[ 甲状腺 ]] 和 [[ 主动脉瘤 ]] 则可能。[[恶性肿瘤]]，包括[[ 包括 淋巴瘤]]，[[霍奇金病]]， [[ 小细胞肺癌 ]] ， [[ 鳞状细胞癌 ]] ， [[ 生殖细胞肿瘤 ]] 和 [[ 乳腺癌 ]] 常引起上腔静脉综合征。