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马山自然保护区位于[[青岛市]]北部39公里， 即[[ 即 墨市]]城区西侧，地理坐标为东经120º21'30"至120º22'02"，北纬36º23'15"至36º24'46"。

马山自然保护区由潍河、 [[ 大沽河 ]] 、胶莱河冲积而成， [[ 海拔 ]] 多在50m左右，地势平坦，稍有起伏。保护区主峰马山（海拔233.1m）、西峰大山（海拔211.1m）、小峰宝安山（海拔145m）、团山（海拔126m）和长岭及周围坡地组成。自南、北两侧遥望，主峰马山、西峰大山呈二峰并峙状，形似马鞍，故又名马鞍山。

马山地貌类型属剥蚀准平原上的残丘地貌，山体凸圆，向四面延伸，坡度在20º至25º之间。山北坡延至埠南一带，山西坡延至信村岭，山前坡延至店子山及西流峰山（又名小龙山），山东坡延至陈家河东岭，均属低洼不平的平原兼低丘地形。残丘周围之冲沟多呈“V”字型和“U”字型，属中年期。保护区范围内无较大河流，只有数条季节河及山北坡截沟堵流形成的几个小型 [[ 水库 ]] ，以增加其自身景色。由于马山潜粗面 [[ 火山岩 ]] 结构构造特征，使其具有较强的抗风化能力，再加上断裂构造等因素，在周围 [[ 沉积岩 ]] 层逐渐侵蚀夷平的状态下形成孤立残丘地貌，相对高差达180m，具有山虽不高却有拔地突起之感。

[[ 硅化木 ]] 也被称为木化石。马山周围的沉积岩层中广泛分布着硅化木。据 [[ 专家 ]] 考证，早在一亿三千万年前的中生代，马山地区曾为“古莱阳湖”的一部分，其上游生长着大量的古树。而后，顺流而下被搁浅在这里， [[ 地壳 ]] 变动时，在高温、高压、断氧的特定条件下，形成了化石。马山硅化木分布广，数量多，已发现20多株。其木质构造，属松柏类的南洋杉科。1992年发现的一株硅化木，树干长13米，平均直径达0.85米，硅化完全，年轮清晰，根枝疤节保存完好，这在中国沿海地区实属罕见。 [[ 化石 ]] 是地层的原始记录，通过对化石的研究，可以恢复 [[ 古生物 ]] 的属种，从而进一步判断当时的古地理、古气候、古环境，因此极具科研价值。

柱状节理石群，位于马山西南坡之团山，面积约一平方公里。据考证，此山是一亿多年前由火山岩浆冷凝收缩而成，裸露部分高达28米、厚约20米、跨度达150余米。马山柱状节理石群由无数根直径在一米左右、呈四棱、五棱或六棱柱状的单个柱体紧密排列组成。柱体内含有许多安山岩气孔晶洞，洞内有大量的 [[ 方解石 ]] 、冰洲石晶体，呈菊花瓣状，具有极高的 [[ 经济 ]] 价值、观赏价值和科研价值。尤其是在 [[ 安山岩 ]] 中，发现此柱状节理在中国尚属首例，是世界柱状节理石群三大奇观之一。