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不过，香港当时经济环境欠佳，在2003年政府发现中心首10年营运，将有9,000万的赤字。同年年底，青年发展中心的地基和地库工程完工，由于未能确定中心的营运模式，当局将中心的上盖建筑工程延至2005年中才兴建。工程延误18个月，每个月还要付出20万，合共360万的保养地盘费用。直到2005年7月，主座及旅舍两座大楼建筑工程正式开始恢复。