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阿那克萨哥拉认为，自然界有热和冷、湿和干、白和黑等不同的“质”，每一件物件，都含有各种不同的“质”，按不同比例混和，就是雪也有少许的“黑”；何种“质”占有优势，决定物件的性质，例如比较一棵树和一座灯柱，火要更为热些、干些。变化就是各种“质”比例的变更。物件并无所谓“生成和消灭”，实际上只有结合和分解。[[时空]]是无限可分的，万物也可以无限地分割。
天文学方面，阿那克萨哥拉主张机械宇宙论，了解到离心力，指出天体是借助其循环运动的速度，悬浮在空中的[[石头]]，否定天体是神的信仰。他发现[[太阳]]和[[星星]]都是赤热的石块，星星只因太遥远，热力不能传到地面；他又发现[[月亮]]是土，比太阳接近地面，上面有山岳，本身无光，月光是由太阳而来 <ref> [https://v.qq.com/x/page/h0155cc2zu0.html 西方哲学史8-阿那克萨戈拉2]，腾讯视频，2015-05-31</ref> 。
在解剖学方面，他对动物进行解剖，对大脑的解剖结构有一定认识，并且发现鱼用鳃[[呼吸]]。