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自從他到達時被拒絕進入英國醫院以來，在一個小小屋裡（據溫迪•奧倫特（Wendy Orent）的瘟疫），他最大的發現是：引起疾病的病原體。同樣在香港的KitasatoShibasaburō博士幾天前已經鑑定出一種[[細菌]]。 這是相同的[[肺炎球菌]]還是兩者的混合存在爭議。 由於Kitasato的最初報告含糊不清且有些矛盾，因此有些人將這一發現歸功於Yersin <ref>霍華德・瓊斯，諾曼（1973）。“ Shibasaburo Kitasato是瘟疫芽孢桿菌的共同發現者嗎？”。生物學和醫學的觀點。16（冬季）：292–307</ref><ref>所羅門，湯姆（1997年7月5日）。 “香港，1894年：James A Lowson在鼠疫桿菌的有爭議發現中的作用”。 柳葉刀 。 350 （9070）：59–62</ref> 。然而，對[[北佐藤]]發現的這種生物的形態進行徹底分析後，確定“我們有信心北佐藤在1894年6月下旬至7月初檢查了[[香港]]的鼠疫桿菌”。於6月20日宣布自己的發現。 因此，“北里”不應“拒絕給予此榮譽”。鼠疫桿菌在較低的溫度下會生長得更好，因此耶爾森設備較差的實驗室在與使用[[孵化器]]的Kitasato的比賽中成為優勢 <ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC413974/ 斑塊的診斷：Yersin-Kitasato爭議分析]美國國家醫學圖書館/細菌學評論</ref> 。因此，儘管最初被科學界命名為“ Kitasato-Yersin桿菌”，但由於在[[淋巴腺]]中找不到被Kitasato識別的一種[[鏈球菌]]，因此該[[微生物]]後來將僅使用後者的名字。耶爾森還能夠首次證明在[[囓齒動物]]和[[人類]]疾病中都存在相同的芽孢桿菌，從而強調了可能的傳播途徑。這項重要發現於同年由他的同事埃米爾•杜克洛（Emile Duclaux）傳達給法國科學院，其經典論文標題為“香格里拉[[香蒜醬]] <ref>”Yersin，亞歷山大（1894）。“香格里拉香蒜醬àHong Kong ” 。安研究所巴斯德。8：662–667</ref> 。