1946年出生於日本長野縣，，從小生長在有著繩文中期(西元前5000～4000)諸多遺跡的長野縣山地區域，對於傳統自然材料及野生植物特別感興趣；1971年畢業於東北大學建築學系，1978年完成東京大學工學博士<ref>[https://solomo.xinmedia.com/japan/3999-kanto [長野][建築] 神長官守矢資料館／藤森照信、1991]，欣傳媒，2013/07/05 。</ref>。他跟隨著東大時期的老師村松貞次郎，開啟日本近代建築史的研究，並在1974年與堀勇良等人結成建築偵探團，與日本各地的研究者共同調查地方殘存的西洋建築，進而發現了關東大地震後大量建造，木造2、3層樓、而有防火材等洋風外觀的住商混合住居，並將其命名為「看板建築」；1986年與赤瀨川原平、南伸坊等人組成「路上觀察學會」。1998年，以日本近代都市‧建築史的研究（「明治的東京計畫」以及「日本近代建築」）榮獲日本建築學會獎論文獎<ref>[https://solomo.xinmedia.com/archi/140460-ylib 建築大哉問的藤森流解題《建築為何是這樣》]，欣傳媒，2017/11/13 。</ref>。