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研究所设有生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室、中国科学院有机氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室、中国科学院有机功能分子合成与组装化学重点实验室、中国科学院能量调控材料重点实验室等研究机构。研究所主办的学术期刊主要有《化学学报》和《有机化学》。