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南京地质古生物研究所是一个从事古生物学和地层学基础研究和应用基础研究的综合性研究所，主要从事古无脊椎动物学、古植物学、地层学、沉积学、分子古生物学等基础理论研究，全所共设有古植物与古孢粉学研究室 <ref>[http://www.nigpas.cas.cn/jgsz/kyxt/jcyjb/bm3/ 古植物学与孢粉学研究室简介]，中国科学院南京地质古生物研究所</ref> 、古动物学研究室、微体古生物学研究室和一个现代古生物学及地层学开放研究实验室，并于1988年建立博士后科研流动站，本所且有博士导师自审权。经过40多年的发展和几代科学家的努力，目前已成为分支学会齐全、科技力量雄厚、技术条件配套、学术成果丰硕、国际交流频繁的地层古生物综合研究中心。国外同行将她与大英自然历史博物馆和美国斯密逊博物研究院并称为世界古生物学研究的三大中心。今年，本所又获批准进入中国科学院“知识创新工程”试点单位。

全所计有153人，其中高级研究人员40人(包括中国科学院院士7人，博士导师25人)，中级研究人员27人。图书馆现藏书刊28万余卷(册)，是国际上最重要的古生物学与地层学专业文献中心之一，标本库收藏有十几万件模式标本并保存有大量国内外精美标本 <ref>[http://www.51yala.com/Html/2007115213734-1.html 江苏游记攻略：地质古生物标本馆]，中国旅游网，2007-1-15 </ref> 。 《古生物学报》 、《地层学杂志》、 《华夏古生物》 (英文)、《微体古生物学报》等专业情刊及有关专著的编辑部均设在本所。 此外、与国际著名国际著名科学出版集团Elsevier出版社联合出版《Palaeoworld》期刊（英文）。研究所主办的科普杂志《生物进化》已于2007年初正式出版发行。