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作为中国科学院 知识创新工程试点研究所，该所确定的战略发展目标是：针对农业发展与生态环境建设中国家急需解决的重大问题和 土壤学的发展需要，面向我国主要 土壤类型，围绕土壤资源与管理、 土壤肥力与调控、土壤 环境与健康三大研究领域，为我国 食物安全、土壤生产力的提高和 环境质量的改善提供决策依据和关键实用技术 <ref>[http://www.cnedu.cn/school/school/jj/1742684014294002343284030.html 南京土壤研究所]，考研教育网</ref> ；积极参与国际土壤科学前沿的竞争，丰富和发展现代土壤学理论，建成国际一流的土壤科学研究中心。

该所先后与30多个国家和地区建立了合作研究关系，同如英国洛桑试验站、日本农业环境研究所等一批国际著名研究机构签订了长期全面合作协议。设有由中国 国家自然科学基金委员会和德国德意志研究联合会共同资助的"中德土壤与环境联合实验室" <ref>[http://www.cas.cn/xw/zyxw/tpxw/200311/t20031110_1011727.shtml 中德土壤与环境联合实验室在南京土壤所挂牌(图)]，中国科学院，2003-11-10 </ref> 以及与 香港浸会大学共建的"土壤与环境联合开放研究实验室"，并是"全球 土壤修复网络（GSRN）"亚洲分中心的挂牌单位。