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此外，学校还设有三沙市与国家文物局合作建设的“国家水下遗产保护中心三沙考古工作站”，将为南海水下文化遗产保护远洋作业提供必要支撑，对进一步研究、发掘、保护古丝绸之路水下文化遗产，宣示中国南海主权的历史佐证具有重要的现实意义。中国科学院南海海洋研究所西沙海洋科学综合实验站还计划与永兴学校开展合作，共同开展针对青少年的海洋知识科普展。学校也是永兴岛岛民的文化中心，学校的图书馆、电子阅览室在非上课期间会向岛上军民开放，并组织书法展览、读书节、广场舞等多种活动，吸引了岛上军、警、民的积极参与。