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本溪湖工业遗产群的多座遗址由不同单位管理，可能导致文物保护上的困难。随着城市化的进程，不少工业遗产为了商业利益的缘故而被清拆，本钢一铁厂旧址、本钢第二发电厂冷却水塔都几乎遭到拆除，不过此事在本溪湖工业遗产群成为全国重点文物保护单位后告吹。而且，本钢一铁厂旧址设备高大，而且暴露于室外环境，容易受自然或人为破坏。此外，有报导怀疑，彩屯竖井因为开采保护煤柱和越界开采而出现疑似沉陷区，并影响附近居民。至于同属工业遗产群的本溪湖煤铁公司总部和事务所旧址、本溪煤矿中央大斜井，它们的保护状况较好，但是处于闲置。