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该研究所由[[卢嘉锡]]院士 <ref>[http://news.sohu.com/20060122/n241549873.shtml 享誉中外的科学家和教育家卢嘉锡(图)]，搜狐，2006-01-22</ref> 于1960年创建，主要从事新型化合物的[[晶体]]和[[分子]]结构及其与宏观性能之间的相互关系研究，并重视研究其可能的潜在应用，是中科院优秀研究所。

福建物构所是以基础研究为主的研究机构。主要从事新型化合物的晶体和分子结构及其与宏观性能（即化学性能、物理性能和生物活性）之间的相互关系，并重视研究其可能的潜在应用。以[[无机化学]]、[[金属有机化学]]和[[物理化学]]前沿领域的金属簇化学及新技术晶体材料为主攻方向 <ref>[http://www.cas.cn/syky/201904/t20190417_4689143.shtml 福建物构所新型非线性光学晶体的合成研究取得进展]，中国科学院，2019-04-18</ref> ，进行系统的基础研究和应用研究。同时适当开展生物大分子（包括金属酶）的晶体结构和分子结构研究。充分发挥结构化学、新技术晶体材料等学科领域的优势，瞄准二十一世纪科学发展优先领域中重大基础性问题，重点开展结构敏感功能、纳米材料、光电子功能材料的研究，使结构化学和材料科学连成一个有机的整体。形成从基础研究、应用基础研究、应用研究到成果转化的良性循环体系。在科研方法上，重视实验与理论、[[化学]]与[[物理]]和其它非化学学科、结构与性能、静态与动态、基础与应用的“五重双结合”，形成综合优势。