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[[20世 纪3纪]]0 30 年代，在城子崖遗址成功发掘后，[[中央研究院历史语言研究所]]考古组的王湘、祁廷霈在鲁东南进行调查，发现了20多处遗址，其中两城镇遗址是最大的一处。1936年，在梁思永的主持下，刘燿（即尹达）、祁廷霈对该遗址展开了较大规模的发掘工作。1958年山东省文物管理处和山东大学对该遗址进行了小规模试掘。1998年至2001年，[[山东大学]]、[[耶鲁大学]]和[[菲尔德自然史博物馆]]组成的中美联合考古队进行了三年的正式发掘。两城镇遗址总面积约100万平方米，陶片分布范围则超过了200万平方米。两城镇遗址与数公里之外的丹土遗址有紧密联系，均为重要的龙山文化遗址。