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目前台藏塔遗址的主要结构病害包括人为孔洞及原有孔洞残损、裂缝、掏蚀凹陷、土体悬空倾斜等 <ref>[https://www.doc88.com/p-4532190188736.html 台藏塔结构病害分析与维修加固措施研究]，道客巴巴</ref> 。病害成因可能由于[[自然]]及人为原因。自然原因包括风蚀、雨侵、水融、温差及鼠穴。人为原因包括台藏塔遗址北侧底部壁面有拆除搭建后存留的构件卯孔及掏挖痕迹、当地居民在台藏塔遗址塔身西侧及塔内空地上圈养[[羊]]群，对塔基夯土造成损害与威胁、台藏塔遗址塔顶经常有鸟类停落，造成一定程度的污损与腐蚀以及周围居民[[生活]]炊烟、污水和垃圾对台藏塔遗址造成污染。

2010年12月14日，新疆吐鲁番台藏塔修缮工程已通过竣工验收 <ref>[http://www.chinanews.com/cul/2010/12-14/2721986.shtml 中国最高土遗址吐鲁番台藏塔修缮完工]，中国新闻网，2010-12-14</ref> ，维修加固之前，台藏塔遗址的可靠度只有51.7%。可靠度较低，说明台藏塔存在极大的结构[[安全]]隐患，亟待维修加固。经过维修加固遗址可靠度已提升到95.4%。