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截至2018年8月，惠州南站拥有3台7线，包括基本站台1座、岛式站台2座，共5个站台面。其中1号站台日常只服务少数列车，2、3号站台停靠北上列车，4、5号站台停靠西行列车；途经惠州南站的轨道线路有沿海铁路（含广深铁路—厦深铁路联络线和深汕捷运城际线）。