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[[ 光绪 ]] 二十四年（1898年），4月，入[[南京]]水师学堂，改名周树人。12月，鲁迅留日期间被本家叔催促参加县考，中榜后以四弟患病为由不再参加府考，继续前往南京求学。光绪二十五年（1899年）转入江南陆师学堂附设矿务铁路学堂，学开矿。这期间接触了赫胥黎的《天演论》，对他以后的思想具有一定影响。除读新书外，爱骑马运动，敢于和旗人子弟骑马竞赛。

光绪二十八年（1902年）1月，矿路学堂毕业。3月，公费赴 [[ 日本 ]] 留学。4月，入弘文学院普通科江南班（为日语学习速成班）。

光绪三十年（1904年），4月，于弘文学院结业。6月，祖父介孚公卒，年六十八。9月，入 [[ 仙台 ]] 医学专门学校肄业。

光绪三十四年（1908年），从 [[ 章太炎 ]] 先生学习，为“光复会”会员，并与二弟作人译《域外小说集》，期间生活艰难，以校对书稿补贴生活。