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花東地區因受地形阻隔，就醫不便。1966年，[[證嚴]]法師於花蓮成立慈善組織克難[[慈濟功德會]]，並於花蓮市仁愛街28號成立「慈濟功德會附設貧民施醫義診所」，為慈濟醫療志業之起始。為了進一步解決東部醫療資源匱乏的問題，慈濟開始構思於花蓮建造醫院。<br><br>

1979年5月10日，證嚴法師在慈濟委員聯誼會上宣布興建醫院構想，並開始選址。之後在[[台灣]]省主席[[林洋港]]的協助下，選定國福里河川浮覆地為院址；醫院整體設計則由[[許常吉]]建築師負責。1983年2月5日正式動土。<br><br>1985年1月，花蓮慈濟醫院第一次公開招考醫師，但僅招收到兩位醫師。慈院籌建委員會委員，時任臺大醫院院長的楊思標教授，及副院長杜詩綿教授建議慈院與臺大醫院建教合作，確保開業初期的醫師來源[2] 。1986年8月，教育部核准慈濟醫院與臺大醫院簽署建教合作，由台大醫院的醫師以輪調方式支援[2] 。同年8月2日，慈濟醫院召開啟業前記者會，宣布禮聘杜詩綿教授為院長，心臟內科醫師曾文賓教授為副院長。同時也確立了不必先繳納保證金的方針，為台灣之先例[2] 。8月17日正式啟業營運[2] 。同年12月8日，行政院衛生署通函各醫院，隔年起住院毋須繳納保證金[2] 。