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2007年1月，[[板桥站]]至[[左营站]]之间开始试营运 <ref>[http://text.news.sohu.com/20070105/n247446996.shtml 台湾高铁通车试营运 整体状况平顺但小状况不少]，搜狐，2007-01-05</ref> ，每日南北双向运行38班次；3月，台北站至左营站全线正式通车营运，每日南北双向运行50班次；5月，与[[美国]]雷曼亚洲投资公司及第二联合授信银行团共同签订第二联合授信增修契约，总授信额度增加至新台币655亿元；9月，24小时网络订位[[服务]]系统上线；11月，开始实行各班次指定车厢自由座（非对号座）服务。

2010年1月，与8家联贷银行团成员签署新联贷案联合授信契约，授信额度为3,820亿元；同时，该公司与联贷银行及交通部签署新版三方契约；2月，与全家便利商店合作推出由便利商店通路代售之车票；4月，统一超商加入售票服务行列，便利商店售票据点增至7千多处；5月4日，动用“台湾南北高速铁路兴建营运计划新台币3,820亿元联合授信案”甲、乙、丙项授信额度，于到期前清偿“台湾南北高速铁路兴建营运计划新台币3,233亿元联合授信案”借款及“台湾南北高速铁路计划第二联合授信案”甲、乙、丙项授信借款；7月，推出多项票务制度并调整营运服务措施，包括发行回数票及定期票、增班改点、增加假日自由座数量及扩大自由座[[车厢]]为每列次三节；8月，载运人次突破1亿；同月，台湾南北高速铁路计划荣获[[亚洲]]土木工程联盟“杰出土木工程计划奖”首奖 <ref>[http://www.360doc.com/content/17/0421/19/7536781_647452854.shtml “速度”的革命——回顾台湾高速铁路桥梁]，个人图书馆，2017-04-21</ref> 。