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福田口岸的出入境边防检查由[[皇岗出入境边防检查站|皇岗边检站]]担负。2007年4月，皇岗边检站经[[国务院]]批准，升格为副厅级建制。担负着对皇岗、福田地铁口岸和福田保税区的出入境中外籍旅客、[[交通运输]]工具实施边防检查及口岸限定区域的警戒、管理工作。2000年6月28日货检启用“快捷通”查验系统；2003年1月27日，旅检实施24小时关 <ref>[https://tech.sina.com.cn/roll/2020-06-24/doc-iircuyvk0124071.shtml 皇岗口岸开拆重建]，新浪网，2020-06-24</ref> ；2006年6月初，货检、小（客）车通道、福田保税区“快捷通””查验系统全面升级为“全自动快捷通”系统。

出境大厅内设有边检通道78条（自助式通道20条、人工验放通道58条），入境大厅内设有边检通道68条（自助式通道20条、人工验放通道48条），设计日过境旅客通过能力为25万人次 <ref>[http://news.sohu.com/20070814/n251575786.shtml?1335006219 深圳福田口岸明日开通 交通疏解主要靠地铁(图]，搜狐，2007-08-14 </ref> 。