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国立故宫博物院于2001年筹设建立南部院区，目的是希望能平衡南北的文化资源差距，让台湾中、南部的民众也能享受故宫的[[文化]]资产，陈水扁政府于2003年1月3日核定在嘉义县[[太保市]]设立南部院区，以带动嘉义的产业转型，此计划随后成为新十大建设中的一个项目并正式动工，其后[[马英九]]政府在建造过程中二度修改、核定计划，2015年12月28日启用试营运 <ref>[http://www.go2tw.cn/article/show/588.html 国立故宫博物院南部院区开启,参观TIPS大揭密]，台湾自由行，2016-1-15</ref> 。

2001年7月，故宫提出中、南部分院建设计划，选址时共收到14个政府机关共20件申请。2002年10月，13人组成的委员会选出[[苗栗县]]后龙镇、台中市西屯区、云林县斗南镇、嘉义县太保市、[[台南县]]玉井乡、高雄县桥头乡、[[高雄市]]鼓山区及左营区等8个地点，该年底向行政院提报3个优选及2个次优地点，其中3个优选为高雄左营、嘉义太保及台中西屯。2003年1月3日，行政院正式选定以嘉义县太保市为故宫分院院址，并配合邻近的高铁嘉义站特定区开发计划共同进行，期待达到“平衡南北，文化均富”，顺道带动中南部的文化、教育、社会、与经济发展。 故宫院长杜正胜当时表示，故宫南院将定位为[[亚洲]][[博物馆]] <ref>[https://www.sohu.com/a/114433079_395917 【台湾旅游】故宫南院－故宫博物院南部院区：白天黑夜相辉映 ]，搜狐，2016-09-15</ref> ，绝对不会是台北故宫的翻版或影子。