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一般的成人乘客可以使用[[储值卡]]，如“金陵通”卡、南京市民卡或江苏交通一卡通刷卡进站，票价9.5折。使用学生卡、市民诚信卡的乘客，以及使用“南京市民卡”的60岁至69岁的乘客可以半价乘坐，使用“金陵通”敬老卡或“南京市民卡”的70岁以上乘客免费乘坐，每名付费乘客可免费携带一位身高1.30米以下的[[儿童]]。乘客可在300分钟内任意换乘，在出站时以乘坐的总里程计算收费金额，不需重新计费。另外南京地铁同时推进闸机改造工作，在每台闸机上加装二维码扫描器。2018年12月20日，南京地铁在部分车站的闸机测试扫码进站服务，之后于12月26日实现全系统试运行，12月31日正式运行。乘客可使用支付宝、银联闪付两种支付方式刷码进站，亦可使用“南京地铁”客户端刷码进站。2019年5月22日起，[[上海地铁]]、[[杭州地铁]]、[[合肥]][[轨道交通]]官方客户端也可以直接扫码乘坐南京地铁。