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南京市博物馆馆有《[[六朝风采]]》、《明都南京》、《龙蟠虎踞——南京历史文化陈列》、《藏龙卧虎——年考古成果展》、《龙吟虎啸——馆藏珍品展》、《宝船·西洋·郑和》等数十个展览陈列，其中《六朝风采》展览是第一届“全国十大精品陈列”之一 <ref>[https://www.sohu.com/a/244676267_100013415 一周一馆——南京市博物馆 ]，搜狐，2018-08-01 </ref> ，《龙蟠虎踞——南京历史文化陈列》获得第七届“全国十大精品陈列”提名。

南京市博物馆负责南京地区地下[[墓葬]]、[[遗址]]的考古发掘与调查。在汤山[[溶洞]]发掘出土的南京直立人化石是在南京地区发现的最早的人类遗迹，被评为1994年度[[全国十大考古新发现|全国十大考古发现]]、“九五”期间全国十大考古发现；象山六朝家族墓地的考古发掘获得了六朝世家墓葬规制与[[习俗]]的珍贵资料，被评为1998年度全国十大考古发现；在高淳薛城遗址发掘出土了大批[[新石器时代]]文物，是北阴阳营遗址考古发现后，在南京地区又一处新石器时代聚落遗址，被提名为1997年度全国十大考古发现；在[[南京长干寺地宫|金陵长干寺地宫]]发掘出土佛祖顶骨舍利和七宝阿育王塔 <ref>[https://www.sohu.com/a/225250358_100028727 文物介绍——鎏金七宝阿育王塔 ]，搜狐，2018-03-10 </ref> ，引起世界佛教界轰动。