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教堂起源于北美长老会19世纪设立的南京四根杆子礼拜堂。1927年成为中华基督教会汉中堂，1930年代开辟莫愁路时，于1936年至1942年兴建今天的礼拜堂。1958年实行各宗派联合礼拜以后,不再专属于中华基督教会一个教派。文化大革命期间曾被占用，1981年归还教会，并加以整修。1992年被列入南京市文物保护单位名单，2002年被列入江苏省文物保护单位名单。