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两汉在西南夷地区设置的郡县称“初郡”或“边郡”。郡县既任命太守、县令、长吏，又封部族土著君长为王、侯、邑长，实行“土”、“流”两重统治。太守、令、长等“流官”赋敛烦苛，又不能与王、侯、邑长等“土官”和睦相处，因而西南夷地区不断发生反抗事件，有时酿成较大规模的战争。如昭帝始元元年（前86）益州郡的廉头、姑缯，牂柯郡的谈指、同并等二十四邑的反抗；王莽时期鉤町、益州和越巂诸部族的反抗；光武建武十八至二十一年（42～45）中，姑复、楪榆、梇栋、连然、滇池、建伶、昆明诸种的反抗；章帝建初元年至二年（76～77）哀牢夷的反抗；安帝元初四至六年（117～119）洱海地区诸部落的反抗；灵帝熹平五年（176）益州诸部落的反抗等等。另一方面，西南夷在汉族的影响下，文化水平和生产力都获得了长足的进步；随着郡县制在西南夷地区的推行，诸部族大小土长被封为王、侯、邑长，使之大小统属，加强了政治上递相隶属的关系，改变了诸部林立，不相统属的局面，有利于中央王朝的管辖和治理，促进了统一的多民族国家的发展。