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1957年3月5日，马蹄寺石窟被列为第一批甘肃省文物保护单位，当时其所属县级行政单位为[[民乐县]]。1963年2月11日，马蹄寺石窟群被重新核定为甘肃省级文物保护单位，此时马蹄寺石窟群已经被划入肃南裕固族自治县境内。1992年之前，马蹄寺石窟群一直由当地僧人管理和保护，但在1991年时，当地僧人对马蹄北寺七号窟中的[[壁画]]进行维修，但未能达到修旧如旧的效果，实质上对壁画造成了严重的破坏。1992年起，马蹄寺石窟被当地文物部门接管，当年马蹄北寺三号窟等洞窟开始接待游客。1996年11月，马蹄寺石窟群被列为第四批全国重点文物保护单位。由于在第二层和第三层之间的岩体裂缝现象日趋严重，几乎导致东西两侧山体分离，2002年，马蹄北寺三号窟被迫关闭。2003年，马蹄寺石窟群被爆出消防设施短缺等问题；金塔寺石窟的壁画出现了严重的酥碱、空鼓、[[颜料]]层粉化等现象。同年，[[国家文物局]]下拨专款，对马蹄北寺、金塔寺和千佛洞的壁画、[[彩塑]]进行修复，并着手进行渗水处理加固、金塔寺石窟栈道改造、上中下三处观音洞维修保护等工程。2004年，肃南裕固族自治县政府在马蹄寺石窟群周边修建了[[停车场]]、卫生间等部分景区设施。同年8月，马蹄寺石窟群正式开始大规模维修，主要工作为岩体的加固，耗费专款共计478万元人民币，整体的维修工作于2006年11月正式完成。2005年起，马蹄寺石窟景区内的原有住户和单位被陆续迁出。2009年，马蹄寺石窟群中的壁画和彩塑相关修复工作基本完成。2011年，马蹄寺石窟群的部分岩体出现剥落现象。2012年，马蹄寺石窟群中的金塔寺石窟岩体防渗水病害治理及栈道改造工程启动。同年，张掖市文物保护研究所组织业务人员对马蹄寺石窟群南寺南区、北寺背山两处的457座[[浮雕]]舍利塔龛进行了专项调查，其中有2处共计110余座塔龛是在这次调查中首次发现的。2013年，国家文物局投资1200万元人民币，对马蹄寺石窟群进行安防系统工程建设，该工程于2014年完工。