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乙未战争造成台日两方的大量伤亡。日军计有515人负伤，164人战死。另有数千日军感染霍乱等[[疾病]]而死，病死者包含领军的近卫师团陆军中将北白川宫能久亲王、以及近卫师团第二旅团长[[山根信成]][[少将]]，不过根据相关考证，日军在伤亡名单上面采取单位互换、战死改为病死、战死隐瞒不报与窜改战死地点等方式来匿报实际作战阵亡人数，根据《[[靖国神社志]]》的资料显示，不含病死与意外事故死亡，在台湾战场被抗日军民击毙的日军最高可能达1,436人。而台方死伤人数难以估算，依照《台湾治绩志》论述，“各战场遗留的尸体在七、八千人以上”；因此乙未战事阵亡的兵士，至少有14,000人。