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*2004年3月，教育部核定史前馆负责筹建南科分馆。
*2007年8月， [[ 行政院 ]] 核定史前馆南科分馆计划，建馆经费为新台币15亿元，暂名国立台湾史前文化博物馆南科考古馆，占地2.44公顷，筹建期程为2008年至2013年。
*2010年2月，史前馆南科分馆新建工程委托设计监造技术服务案评选结果，由大元联合[[建筑师]]事务所得标。
*2010年3月，南部科学工业园区管理局以“南部科学 [[ 工业园区 ]] 考古文物陈列室临时展示劳务采购案”委托史前馆继续营运台南[[科学]]工业区考古文物陈列室。
*2014年6月11日，史前馆举行南科分馆动土典礼。