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四年（1799年），英善调驻[[清朝治藏历史|西藏]]，福宁于是单独管理四川军需。当时，军营支出泛滥，统兵大员奢靡无度。尽管四川军饷多于湖北数倍，但兵勇口粮仍多被迟延，几乎导致没有食物充饥<ref name="史稿11175">{{harvnb|赵尔巽等|1998|p=11175}}</ref>。嘉庆帝屡次训戒，但福宁不能总体核算，奏报数目虚浮<ref name="史稿11175"/>。钦差大臣[[魁伦]]赴达州察视，发现虽然起事教徒人数已有所减少，但大股变为小股，教徒首领的名目反而多了起来，又了解到福宁管理军需的混乱状况，因此嘉庆帝下诏褫夺副都统衔，留达州候命<ref name="史稿11175"/>。数年前杀降之事被发现，当四川教首[[高均德]]被擒时，也谈到担心投降后仍遭诛戮，故教徒面对朝廷招抚多持观望态度<ref name="史稿11175"/>。嘉庆帝下诏怒斥福宁杀降的举动失人心而伤天理，将其逮捕论罪，发遣新疆戍边，不久又原谅福宁，命其赴额勒登保军前效力<ref name="史稿11175"/>。不久，由于福宁先前裁撤乡勇导致教徒偷渡嘉陵江，因此仍发往伊犁<ref name="史稿11175"/>。五年（1800年），朝廷授予福宁三等侍卫，令赴西藏办事，九年（1804年），召还北京，授正白旗蒙古都统，十一年（1806年），以三品衔退休<ref name="史稿11175"/>。十九年（1814年），朝廷追论福宁在西藏擅借库银及湖广总督任内滥用军需，久未缴纳，因此下狱，不久病卒<ref name="史稿11175"/>。