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吴慰祖长期从事精细化工技术应用于军事领域的研究，以科技工作者的崇高使命感和严谨的治学精神，紧密跟踪国内外相关学科的最新理论和研究成果，奋力攀登技术高峰，攻克了许多关键性难题，开辟了精细化工军事应用新的研究领域，建立了精细化工军事应用的新学科理论体系，使之成为一门与 [[ 物理 ]] 、 [[ 生物 ]] 、微电子等学科紧密相关、达到国际先进水平的综合性学科，为国防现代化建设做出了重要贡献。他先后取得了40多项重要成果，发表了许多具有知道意义的重要学术论文、专著和研究报告，其成果在军事领域得到了大量应用，并获得重大效益。