主要著作有，专著《琉球中国音乐比较研究》、《三弦艺术论》（中文，上中下卷及日译本）、《中国传统音乐概论》、《世界民族音乐概论》、《民族音乐论集》、《福建传统音乐》、《客家艺能文化》、《福建南音初探》（合著）、《福建民间音乐简论》（合著）、《高师音乐教育学》（主编、合著）、《音乐鉴赏》（主编、合著）、《福建文化概览》（主编、合著），译著《古代丝绸之路的音乐》、《民族音乐学》（合译）。发表学术论文百余篇。并曾多次赴日本、荷兰、法国、巴西、泰国以及台湾省、香港进行考察讲学。

[[File:王耀华1.jpg|缩略图|右]]图片来源网址：https://baike.baidu.com/item/%E7%8E%8B%E8%80%80%E5%8D%8E/10220525?fr=aladdin

著作获第一、二、四届福建省社会科学优秀成果一等奖、第一届国家教委人文社会科学优秀成果二等奖、第八届中国图书奖二等奖。教学成果两次获国家级二等奖、省级一等奖。1991年起享受国务院政府特殊津贴，1992年被授予"福建省首批优秀专家"和"国家有突出贡献的中青年专家"称号。

2013年4月7日，教育部发布通知《第六届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）评奖结果揭晓》，福建师范大学音乐学院王耀华教授的著作《中国传统音乐结构学》（福建教育出版社，2010年5月）获得第六届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）二等奖。