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研究人员正探究粪便微生物移植用于治疗肠胃科以外的病症，例如自体免疫疾病、神经系统疾病、肥胖、代谢疾病（包括[[糖尿病]]）、多发性硬化症和帕金森氏症。截至2008年5月，多项研究发现粪便微生物移植对帕金森氏症有帮助。医生Thomas Borody在被难辨梭菌感染的帕金森氏症病人身上试用粪便移植，发现病人的[[帕金森氏症]]症状有所减缓，有些病人的症状更未能被其他神经学家察觉。Thomas医生提出假设，粪便移植所导致的微生物组改变，可以透过施用抗难辨梭菌抗体重现。这个假设将被未来的一项临床研究所验证。