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==史前时期==
由化石及使用工具显示直立人约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为爪哇猿人 <ref>[http://www.tanmizhi.com/html/5334.html 最早发现的直立人：爪哇猿人（1890年发现） ]，探秘志，2018-11-24</ref> 。智人约于4.5万年前进入该地区。于2011年在邻国东帝汶发现遗迹，推测在4.2万年前当地居民及有高超的航海技术；由于发现捕捉及食用大量深海鱼如鲔鱼，可能具备跨海至[[澳大利亚]]或其他[[岛屿]]的技术。
南岛民族约于公元前2000年移入印度尼西亚，构成现代多数印度尼西亚人，且遍布于群岛，局限了美拉尼西亚人分布范围，美拉尼西亚人仅分布在印度尼西亚东部。最早于公元前八世纪具备理想的[[农业]]环境及掌握水田种稻，促使村庄、城镇、及小型王国于公元1世纪兴起。印度尼西亚航道的战略重要性促进了岛屿间及国际贸易，包括于公元前数世纪时即建立与印度及中国间的[[贸易]]关系，贸易也在印度尼西亚历史上具有重要地位。
早在前2世纪后半期，在印尼出现了最早的[[奴隶制国]]家叶调。公元三至七世纪，出现了古泰、达鲁马、耶婆提、干陀利、马打兰王国、夏连特拉王国等分散的小王国。
7世纪至11世纪，大国室利佛逝 <ref>[https://xw.qq.com/amphtml/20200312A0VU4Y00 室利佛逝 金洲故地 ]，腾讯网，2020-03-12 </ref> （宋代以后称“三佛齐”）崛起，同中国极为友好，使者商旅不绝于途。7世纪到14世纪之间，[[印度教]]和[[佛教]]传入。
13世纪末14世纪初，在[[爪哇]]建立了印尼历史上最强大的满者伯夷。