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虽然传染病医学研究院最初的研究包括生物作战，在1969、1970 年时由美国总统尼克森发出总统命令禁止使用生化武器后，专注于生物作战防御，并支援美国陆海空三军相关需求。其现行任务在“保护战斗员免于[[生物]]作战威胁并随时准备调查疫病爆发或公共卫生威胁”。
[[2001年美国炭疽攻击事件 ]] 中[[，传染病]]医学研究院为美国境内所有最高防护研究实验室单位之中，首先以基因鉴定方式判断出，攻击者所使用的炭疽热病原孢子，全部属于同一菌株：安姆斯菌株。这个菌株最早正是由传染病医学研究院开发。后来这个菌株被分给至少十五个[[美国]]境内生物研究实验室和六个美国以外的研究部门。
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