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根据工作需要和职责范围，河南省卫生厅内设办公室、监察室、厅直机关党委、人事处、规划财务审计处、医政处、疾病控制处、卫生监督处、基层卫生与妇幼保健处、教育处、国际合作处、保健处、离退休干部工作处、应急办；河南省中医管理局内设综合处、业务处。河南省卫生厅直属单位有：省人民医院、省疾病预防控制中心、省职工医学院、省肿瘤医院、省胸科医院、省中医药研究院、省直第一门诊部、省直第二门诊部、省职业病防治研究所、省红十字血液中心、省医科院(河南省卫生厅科技办公室)、省医学情报研究所、省医学会、医药卫生报社、省医学科技发展中心、省中医药科技交流中心、省洛阳正骨医院、省卫生学校、省百泉肿瘤医院、省眼科研究所、省肿瘤研究所、省洛阳正骨研究所等22个医疗卫生单位。