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三沙市国家税务局组建于2013年，截至2015年5月，该局有内设机构3个，1个派出机构，有国税工作人员10人。三沙市国税系统负责征收管理的纳税户截至2015年5月有183户。海南省国家税务局海洋石油税务分局与三沙市国家税务局合署办公 <ref>[http://sansha.hinews.cn/system/2018/07/06/031475342.shtml 国家税务总局三沙市税务局正式挂牌]，南海网，2018-07-06</ref> 。

承办海南省国家税务局和中共三沙市委、三沙市人民政府 <ref>[https://www.sohu.com/a/144946773_123753 海南省三沙市主要领导调整]，搜狐，2017-05-31</ref> 交办的其他工作。