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1946年 [[国民党]]政府接管，改名农林部东北农事试验场；1948年东北解放，建立了东北行政委员会农业部公主岭农事试验场；1950年改为东北人民政府农林部农业科学研究所；1953年改称东北行政委员会农业局东北农业科学研究所；1954年为农业部东北农业科学研究所；1958年改为中国农业科学院东北农业科学研究所；1959年，成立。2004年吉林省政府和中国农科院依托吉林省农业科学院共建“中国农业科技东北创新中心”（（简称东北创新中心），与吉林省农业科学院合署办公 <ref>[https://news.sina.com.cn/o/2006-03-09/01278394426s.shtml 吉林省农科院打造东北创新中心 ]，新浪，2006-03-09</ref> 。

全院有新世纪“百千万人才工程”国家级人选 3 人、[[国务院特殊津贴]] <ref>[https://www.66law.cn/laws/442806.aspx 国务院政府特殊津贴的数额是多少 ]，华律，2020-04-20</ref> 享受者 17人、[[吉林省]]高级专家 18人、获得吉林省科技进步特殊贡献奖2人（全省仅4人）、省有突出贡献的中青年专业技术人才26人、省拔尖创新人才25人。